Szent István király 1004-ben alapította az egri egyházmegyét. Ezután kezdték el építeni a mai vár helyén a székesegyházat, vagy katedrálist, amely nevét a püspök tanítószékéröl, katedrájáról kapta.
A történelem viharai többször lerombolták az először román, majd gót stílusú templomot. Az egri vár 1552-es ostroma után, a vár megerősítési tervei és a protestáns várkapitányok a székesegyházat sem kímélték így a kanonok testülete, a mai Bazilika területén álló Szent Mihály plébánia templomba költözött, mely 1580-tól hivatalosan is betöltötte a székesegyház funkcióját és Szent János apostol és evangélista az egri egyházmegye védőszentje is patrónusa lett.

Eger város és az egyházmegye lakosságának növekedésével szükségessé vált egy nagyobb templom építése, melyet Telekessy István kezdett meg, majd Erdődy Gábor az eredeti terveket jelentősen megváltoztatva és a templomot majdnem kétszeresére bővítve fejezett be 1727-ben.

Az 1800-as évek elejére a több évszázados harcok elmúltával az ország lakossága úgy megnövekedett, hogy az immár érseki rangot kapott egri főpásztorok még nagyobb Főszékesegyház építését határozták el.

A Főszékesegyház 6 év alatt épült meg és 1837 május 6-án szentelték fel.
Belső terének kialakítása ma is folyik.

A főszékesegyház 1970-ben nyerte el a Bazilika címet.
Jellemző méretei: A hossza 90 m, a kupola 40 a torony 55 m magas. Nagyobb egyházi ünnepek alkalmával 4-5000 főt tud befogadni. Vasárnaponként a 6 mise alkalmával 1500 hívő keresi fel a Bazilikát.