Szent István király halála után trónviszályos, zűrzavaros idők következtek.

Ekkor a fehérvári káptalan, féltve a bebalzsamozott és mumifikálódott holttestet a megszentségtelenítéstől, kiemelte a bazilika közepén álló márványszarkofágból, ahová 1038. augusztus 15-én temették el István királyt, és a bazilika alatt lévő sírkamrában rejtette el. Ekkor történt, hogy az épségben megmaradt jobb kezet leválasztották, mivel csodás erőt tulajdonítottak neki, és a bazilika kincstárába vitték.
A kincstár őre Merkur volt, aki később eltulajdonította a szent ereklyét és bihari birtokán rejtette el. Mikor Szent László hírt hallott az ereklyéről, felkereste Merkurt a birtokán. Megbocsátott a "tolvajnak" és a Szent Jobb megtalálásának helyén, első királyunk tiszteltére, a szent ereklye méltó elhelyezésére, Szent Jobbi apátságot alapított.
Így vette kezdetét a Szent Jobb nyilvános tisztelete és ünnepe. A szentjobbi apátságban őrzött ereklyéhez évszázadokon át zarándokoltak a hívek. A XV. században kezdődött a Szent Jobb vándorútja, mikor is először Székesfehérvárra vitték, majd a török uralom alatt Boszniába, később (1590 körül) Raguzába, a mai Dubrovnikba került, az ottani domonkos szerzetesekhez.

A II. világháború alatt a Szent Jobbot a koronázási ékszerekkel együtt elhurcolták, és egy salzburgi barlang mélyén rejtették el. Itt talált rá az amerikai hadsereg, s megőrzésre a salzburgi érseknek adták át. Az Amerikai Katonai Misszió három tagja hozta vissza Magyarországra, az 1945. augusztus 20-i körmenetre.

Az ünnepség végén a Szent Jobbot visszavitték az Angolkisasszonyok zárdájába, és ott orizték 1950-ig, a rend feloszlatásáig.

Ezután a Szent István Bazilika plébániájának páncélszekrényében rejtették el, mert ezekben az években már nem volt szabad nyilvános körmentben tisztelni Szent István jobbját.